不同地区丹参根腐病的病原菌类群存在差异，但均为镰刀菌属真菌。叶鹏盛报道四川丹参根腐病病原菌为腐皮镰刀菌Fusarium solani Sacc.，其分生孢子以大分生孢子为主，孢子镰刀状，微弯，较短宽，3～5个隔膜，大小25～36μm×4.5～6μm，易在分生孢子座上形成蓝色粘孢团；小分生孢子数量稀少，椭圆形或近卵形，无隔或1个隔膜，大小10～18μm×3～5μm；厚壁孢子多间生，单生或2个串生于菌丝或大分生孢子内。

病原菌以菌丝体和厚垣孢子在土壤、种根及未腐熟带菌粪肥中越冬，成为翌年主要初侵染源。病菌从根毛和根部的伤口侵入植株根系引起发病。病原菌产生的分生孢子可随水流和地下害虫传播，进行再侵染。4月中下旬开始发病，7～9月是病害发生高峰期。高温多雨、排水不畅、土壤黏重有利于病害发生，地下害虫及线虫为害重的地块发病重，连作地发病重。丹参根腐病在四川、河北、安徽、山东、陕西等丹参主产区均有发生，一般重病地发病率可达50%以上，为害后对产量影响严重。

（1）加强田间管理  选择无病地种植，病地实行轮作；采用深沟高厢栽培，防止田间积水；病害发生初期，及时拔除病株，用生石灰处理后深埋，并用恶霉灵或木霉制剂等处理病穴土壤和邻近植株。

（2）种根消毒  栽种前用70%甲基硫菌灵可湿性粉剂1000倍液浸3～5分钟，捞出晾干后栽种。

（3）药剂防治  整地前，育苗地和栽培地每亩撒施1～1.5kg哈茨木霉菌；发病初期，用枯草芽孢杆菌100亿个/L的菌悬液、99%恶霉灵可湿性粉剂3000倍液或40%多·硫悬浮剂500倍液等药剂灌窝，10～15天1次，连续灌2～3次。