病原为甘草单胞锈菌Uromyces glycyrrhizae Magn.，为担子菌亚门、冬孢菌纲、锈菌目、单胞锈菌属真菌。夏孢子球形或近球形，色淡，表面有小刺，直径18～28μm。夏孢子发生于甘草叶背面，孢子堆紧密，单胞，圆形，有柄不明显，1～2个芽孔，表面有突瘤，颜色淡褐色。冬孢子发生于甘草叶背面，孢子堆之间疏松，冬孢子单胞，大小18～30μm×4～20μm，圆形近椭圆，有短柄很明显，易脱落。担孢子由担子产生，担子有隔，担子末端侧面产生4个担孢子，担孢子椭圆形。性子器产生于甘草叶背面，圆形，埋于表皮细胞下，受精丝管状，伸出表皮并分泌蜜露，最终黏结成喙状，性子器初为无色后变为棕红色，性孢子椭圆形，无色。锈孢子发生于性子器群中，圆形，成串。

病菌为单主寄生锈菌，以菌丝及冬孢子在植株根、根状茎和地上部枯枝上越冬，翌春产生夏孢子。栽培甘草发病率高于野生甘草。如上年秋季多雨，翌年春天气温回升较快则有利其发生。两年生栽培甘草夏孢子病株发生盛期在5月中旬，病株率10%左右；6月下旬为发病株死亡盛期，死亡率达90%以上。冬孢子病株发生盛期为7月中旬。

（1）农业防治  不同种甘草、不同种源地的同一种甘草混播，可在一定程度上减轻甘草锈病的流行。早春夏孢子堆未破裂前及时拔除病株；8月初刈割甘草地上部分作为饲料，可以有效减少翌年菌源；收获后彻底清除田间病残体。

（2）药剂防治  分别在5月上旬和8月中旬两次病害发生初期进行药剂防治，可选醚菌酯225g/hm²，苯醚甲环唑180g/hm²，三唑酮60g/hm²连续叶面喷雾处理2次，间隔7天，药液量450L/hm²。喷雾应在天气晴朗、无风的傍晚进行，交替使用药剂。