病原为链格孢Alternaria alternata (Fr.) Keissler，异名A. tenuis Nees.，为半知菌亚门、丝孢纲、丛梗孢目、链格孢属。分生孢子梗单生或数根簇生，直立或弯曲，褐色，具隔膜，罕见分枝，大小33～75μm×4～5.5μm。分生孢子链生或单生，倒棒形、卵形、倒梨形或近椭圆形，褐色，表面光滑或具细疣，横隔3～8个，纵、斜隔1～4个，分隔处缢缩，大小22.5～40μm×8～13.5μm。喙短柱状或锥状，淡褐色，0～1个横隔，大小8～25μm×2.5～4.5μm，大部分可转变为产孢细胞，其上形成次生孢子。

病菌以菌丝体在病株残体上越冬，田间病残体为其初侵染来源，温度和降雨与病菌生长繁殖关系密切，降雨量大、降雨次数多有利于病菌的传播和蔓延。生长季病叶上产生的分生孢子借风雨传播不断引起再侵染，蔓延为害。重茬菊花病情指数高于轮作菊花；春插菊花比夏插的发病轻。高温高湿时发病较重，6～10月均可发生，7～8月为发病高峰，9月以后病情发展较慢。

（1）实行轮作倒茬，忌重茬；菊花收获后清除田间病残叶烧毁或深埋。

（2）提倡春栽，压缩夏茬插条菊花面积；加强栽培管理，促进植株生长健壮，提高植株抗病能力。

（3）发病初期用50%多菌灵500倍液、75%代森锰锌600倍液或50%扑海因800倍液等药剂喷雾3～4次，间隔期为7～10天。